З квітня 2020 року в закладі проводиться лікування хворих на гостру респіраторну хворобу COVID-19, спричинену коронавірусом SARS-CoV-2.
На базі відділень терапевтичного профілю, розташованих в окремому 7-ми поверховому лікувальному корпусі розгорнуто 100 ліжок, на яких проводиться лікування хворих на COVID-19. Крім того, відділення анестезіології з ліжками для інтенсивної терапії перепрофільовано для лікування хворих на коронавірусну хворобу (19 ліжок з централізованим забезпеченням киснем). Окремо на площах травматологічного відділення розгорнуто реанімаційні ліжка для хворих з іншими захворюваннями, які поступають у госпіталь у невідкладних станах та потребують інтенсивної терапії (15 ліжок). 
З метою діагностики COVID-19 в закладі створено ПЛР-лабораторію.
З 26.05.2021 в госпіталі ГМЦ розгорнуто пункт для вакцинації працівників, членів сімей та інших осіб  вакциною CORONA VAC.